Через два года после крушения Метеора только-только начинается восстановление планеты. Те, кто выжил, смог заново создать город Эдж, а Клауд Страйд удалился от дел и поселился в сиротском приюте. В это время по всей планете начинает распространяться неизлечимая и смертельно опасная болезнь «Геостигма», которая уносит огромное количество людских жизней…