Армия Машин уже на подступах к Зиону, единственному городу людей. Спасти последнее пристанище незапрограммированных представителей человеческой расы может только Нео, но Нео застревает на станции метро, аналоге перехода между миром машин и реальностью. Выпустить его может лишь Проводник, служащий «серому кардиналу» мира Матрицы Меровингену, который отказывается помогать Избранному…