Жители Зиона, единственного города людей, узнают, что Армия Машин готовится напасть на них - в данный момент к Зиону приближает огромный бур, способный пробить его стены. Морфеус верит, что Нео может их спасти, но для этого Избранному нужно пообщаться с Пифией, которая должна донести до него вторую часть своего предсказания. При этом им мешает агент Смит, ставший самостоятельной и неуправляемой программой в Матрице…