После того, как в первом фильме Майло с товарищами нашли и спасли Атлантиду, главный герой во второй части решает остаться жить в подводном мире вместе с дочерью короля Атлантиды. Однако спокойная жизнь под водой длилась недолго – новая опасность угрожает Атлантиде, и пришла эта опасность с поверхности Земли…