Зартан, принявший облик Президента США в первой части «Броска Кобры», объявляет всех агентов в отряде G.I. Joe предателями страны и становится вместе с Файрфлаем и Сторм Шэдоу под флаги Командира Кобры. Как глава государства Зартан распоряжается истребить всех из G.I. Joe, но некоторым агентам удается спастись. Вместе они пытаются противостоять Командиру и Зартану, которые намерены уничтожить существующий мир с его порядками и установить в нем свои законы. Для этого агенты объединяются с основателем G.I. Joe Джо Колтоном…